En Underwater Cities, que dura entre 30 y 45 minutos por jugador, los jugadores representan a las mentes más brillantes del mundo, mentes nominadas debido a la superpoblación de la Tierra para establecer las mejores y más habitables zonas submarinas posibles.

El principio fundamental del juego es la colocación de cartas. Tres cartas de colores se colocan a lo largo del borde del tablero principal en 3 x 5 casillas, también de color. Idealmente, los jugadores pueden colocar cartas en casillas del mismo color. De esta forma, pueden realizar acciones y obtener ventajas: la acción representada en la casilla del tablero principal y la ventaja de la carta. Las acciones y ventajas permiten a los jugadores obtener materias primas; construir y mejorar cúpulas urbanas, túneles y edificios de producción como granjas, desalinizadoras y laboratorios en su área submarina personal; mover su marcador en el tablero de iniciativa (lo cual es importante para el orden de los jugadores en el siguiente turno); activar las cartas "A" del jugador; y coleccionar cartas, tanto especiales como básicas, que permiten tomar mejores decisiones durante el juego.

Las casi 220 cartas, tanto especiales como básicas, se dividen en cinco tipos según su modo y momento de uso. Las zonas submarinas serán de doble cara, lo que brindará a los jugadores numerosas oportunidades para conseguir puntos de victoria y, finalmente, alzarse con la victoria.