En Ubongo, los jugadores compiten para resolver rompecabezas individuales lo más rápido posible para ser los primeros en obtener las gemas disponibles.

Edición original:
El tablero de juego consta de seis filas, con doce gemas (de varios colores) colocadas en cada una. Al comienzo de la partida, cada jugador coloca su peón frente a una de esas filas. Cada jugador también toma doce poliominós, es decir, piezas de entre 2 y 5 casillas en alguna configuración; los jugadores usan estas piezas en cada ronda para intentar recrear formas.

Al comienzo de cada ronda, cada jugador recibe una carta de rompecabezas que representa una figura formada por un número determinado de cuadrados; una cara de esta carta muestra seis filas de 3 piezas, y la otra, seis filas de 4 piezas, para un rompecabezas más difícil. Cuando todos estén listos, alguien tira un dado para determinar qué fila de piezas puede usar cada jugador para recrear la figura de su carta. La carrera se cronometra con un reloj de arena, y el resultado determina el desarrollo del juego en el tablero principal.

Quien primero resuelva su rompecabezas a tiempo puede mover su peón hasta tres filas a la izquierda o a la derecha. El segundo jugador que termine moverá dos filas y el tercero solo una. Luego, los jugadores recogen dos gemas del frente de la fila donde se encuentra su peón; esto significa que cuantas más filas se puedan mover, mayor será el control sobre el color de las gemas que se pueden recoger. Tras recoger las gemas, cada jugador recibe una nueva carta de rompecabezas y comienza una nueva ronda.

Tras nueve rondas, el juego termina y quien haya reunido más gemas de un solo color gana. Si hay empate, se compara quién tiene más gemas de un segundo color, y así sucesivamente.

Edición 2015:
La parte del rompecabezas del juego sigue siendo la misma, pero el sistema de puntuación ha cambiado considerablemente, para ser igual que en Ubongo Extreme. Ya no hay peones, sino que el ganador se lleva una gema de 3 puntos más una gema al azar, el segundo lugar se lleva una gema de 1 punto más una gema al azar, y quienes terminen a tiempo se llevan solo una gema al azar. Quien consiga más puntos de gema después de nueve rondas gana la partida.