Al fons de l'oceà, ningú et sentirà cridar!
A Captain Sonar, tu i els teus companys d'equip controleu un submarí d'última generació i intenteu localitzar un submarí enemic per fer-lo volar pels aires abans que et puguin fer el mateix. Cada rol és important i l'enfrontament és despietat. Sigues organitzat i comunica't, perquè un capità no és res sense la seva tripulació: el cap de servei, l'operador de ràdio i l'enginyer.
Tots els membres d'un equip seuen a un costat de la taula i cadascun assumeix un paper concret al submarí, i la divisió de tasques per a aquests rols depèn del nombre de jugadors del joc. Els rols inclouen el capità, que és responsable de moure el submarí i anunciar alguns detalls d'aquest moviment; l'operador de ràdio que escolta les ordres del capità contrari i intenta desxifrar on podria ser el submarí a l'aigua; i l'enginyer que treballa a la sala de municions per preparar torpedes, mines i altres dispositius que permetran el combat.
Captain Sonar es pot jugar en dos modes: torn a torn o simultani. En aquesta última configuració, tots els membres d'un equip realitzen les seves accions simultàniament mentre intenten rastrejar el que fan els oponents. Quan un capità està a punt per llançar un atac, l'acció s'atura un moment per veure si s'ha registrat un impacte; després, el joc es reprèn amb l'objectiu fugint mentre l'atacant feia una pausa o amb trossos de metall escampats pel fons de l'oceà.
S'inclouen diversos mapes amb diferents nivells de dificultat.